Будет.
Меньше всего проблем если новая магнитола тоже от Blaupunkt. Для работы ДУ нужно будет докупить адаптер (номер блау 7607587512001) и кабель (номер блау 7607621194001). Цена вопроса около 2000р.
Для ALPINE тоже есть адаптер, его номер APF-S100CH.
С устройствами других марок придется немного повозиться. На сайте DUK'a описаны доработки для:
PIONEER и SONY - http://duk63.narod.ru/remote1.html
и вариант встраивания ИК-пульта в штатный, что позволяет использовать практически любой ИК-пульт
http://duk63.narod.ru/remote3.html